В первые минуты на месте покушения царил полный хаос. Гейдрих продолжал демонстрировать характер, но синюшная бледность и крупные капли пота на лбу свидетельствовали, что дается ему это нелегко. На его счастье, в пострадавшем от взрыва трамвае ехала медсестра Мария Наваррова – весьма деятельная особа, с симпатией относящаяся к нацистам. Она оказала раненому протектору первую помощь и сразу же начала останавливать проезжавшие мимо машины, чтобы поскорее переправить его в расположенную поблизости больницу «Буловка». Автомобильное движение по Кляйн Голешовичерштрассе не отличалось интенсивностью, и за неимением лучшего варианта скрипящего зубами Гейдриха пришлось погрузить в фургон, заполненный ящикам с мастикой для пола.

В смотровой больницы «Буловка» рейхспротектора осмотрел дежурный врач и спешно вызвал хирурга профессора Дика, немца по национальности. Рентген показал, что в ране, которая не выглядела слишком серьезно, имеется осколок – то ли фрагмент бомбы, то ли часть кузова автомобиля. Дик поначалу рассчитывал извлечь его локальным вмешательством, но дальнейшее исследование показало, что дела обстоят хуже, чем кажется: сломано ребро, повреждена грудная клетка, осколок поменьше застрял в селезенке, повреждена также и диафрагма. Требовалась срочная операция, но Гейдрих воспротивился, заявив, что хочет дождаться прибытия специалиста из Берлина. Профессору Дику пришлось постараться, чтобы убедить обергруппенфюрера, что любая отсрочка грозит тяжелыми последствиями. В конце концов Гейдрих согласился лечь под нож, но при условии, что оперировать будет хирург немецкой клиники в Праге профессор Гольбаум. Рана оказалась глубокой и забитой грязью и мелкими осколками. Селезенку в конце концов пришлось удалить. После операции Гейдриха разместили в личных апартаментах профессора Дика на третьем этаже больницы. Вход на этаж чешским сотрудникам был строго воспрещен. По приказу Карла Франка, который временно принял на себя обязанности рейхспротектора, в больнице разместили взвод эсэсовцев. С этой минуты только самые высокопоставленные особы знали, каково истинное состояние Рейнхарда Гейдриха.

Опустошенные неудачей участники покушения каждый своим путем добрались до квартир семей, предоставивших им кров. Кубиш нуждался во врачебной помощи – осколки повредили глаз, лицо сильно опухло. Мария Новакова, у которой он жил, позаботилась обо всем, а ее 14-летняя дочь Индржишка подобрала велосипед, оставленный Яном в соседнем квартале, и спрятала в сарае. Габчика приняла семья Фафеков, Валчик укрылся в доме Франтишека Сулека, а Опалка – на квартире Терезы Касперовой. Понимали ли эти простые пражане, сохранившие гражданское мужество, что подписывают смертный приговор себе и своим близким?

Немецкие власти тем временем уже начали действовать. В 16:30 к населению Богемии и Моравии обратился статс-секретарь Франк: «27 мая в Праге было совершено покушение на имперского протектора обергруппенфюрера СС Гейдриха. За поимку преступников назначается награда 10 млн. крон. Каждый, кто укрывает преступников или оказывает им помощь либо имеет сведения об их личности или месте пребывания и не сообщит об этом, будет расстрелян вместе со всей семьей». Франк объявил, что в районе Праги вводится чрезвычайное положение. На время комендантского часа, с 21:00 до 06:00, прекращается работа транспорта, ресторанов, театров и прочих увеселительных заведений, а к находящимся в это время на улице лицам будут применяться законы военного времени. Несколькими часами ранее Франк позвонил Гитлеру и сообщил об атаке. Фюрер пришел в ярость, особенно возмущаясь по поводу того, что Гейдрих ехал без вооруженного эскорта. Идея объявить награду в 10 млн. крон (1 млн. имперских марок) за информацию о террористах исходила от него. Также Гитлер приказал Франку схватить и расстрелять в качестве меры устрашения 10 тыс. нелояльных чехов. Первых 100 «непримиримых врагов рейха», содержащихся в тюрьмах протектората, казнили уже следующей ночью. И это было лишь начало. Начался самый кровавый период новейшей чешской истории.

По приказу начальника управления пражского гестапо штандартенфюрера СС Ганса Гешке в ночь с 27 на 28 мая в городе провели массовую облаву. 5 тыс. солдат и сотрудников тайной полиции методично прочесывали квартал за кварталом, обыскивая подозрительные дома и квартиры. Несмотря на размах мероприятия, облава не принесла существенных результатов для следствия. Не обученные полицейским методам работы солдаты осматривали квартиры поверхностно, из почти 6 сотен задержанных только 23 были признаны причастными к незаконной деятельности, но ни один из них не имел отношения ни к покушению, ни к организации «Йиндра». Обыску подверглась квартира Терезы Касперовой, но эсэсовцы не смогли обнаружить потайное помещение, в котором скрывался Адольф Опалка. Зато нацисты преуспели в слепом терроре. Каждый день оглашались списки казненных накануне ночью гражданских лиц, главной виной которых было «одобрение покушения на имперского протектора».

3 июня после краткого периода улучшения Гейдрих впал в кому и утром 4 июня умер. Причиной было объявлено заражение крови, вызванное «бактериями или ядами, которые проникли вместе с осколками бомбы в области плевры, диафрагмы и селезенки». В 1970-м профессор Гервиг Гамперл заявил, что официальное заявление 1942 года неверно – и смерть вызвал анемический шок, то есть нарушение системы кровообращения, как результат повреждений, полученных при покушении. Антибиотики были еще не в ходу, а применяемый врачами пронтозил оказался неспособен победить гнойный процесс. Тело нациста №3 перевезли в Берлин и 9 июня торжественно похоронили на кладбище Инвалиденфридхоф. Позже, после войны, надгробие разбили, а могилу срыли, опасаясь, что она станет местом паломничества неонацистов.

На рассвете следующего дня специальный карательный отряд, прибывший из Галле, родного города Гейдриха, при поддержке местного гестапо и чешской жандармерии окружил небольшой шахтерский поселок Лидице в 20 км от Праги. Выгнав жителей из домов, нацисты отделили мужчин и мальчиков старше 14 лет, отвели их на территорию близлежащей фермы и расстреляли. Женщин отправили в концлагерь Равенсбрюк, а детей – в лагерь уничтожения Хелмно, где большинство из них погибли в газовых камерах. Поселок в полном смысле этого слова стерли с лица земли, даже щебень был вывезен, а образовавшуюся пустошь засеяли травой. Название «Лидице» исчезло со всех немецких карт. Это была проверка на практике тщательно проработанной Гейдрихом программы послевоенной ассимиляции «неправильных» чехов.

Хотя в официальном сообщении указывалось, что жители Лидице оказывали помощь террористам и понесли заслуженное наказание, следствие по делу о покушении все еще не сдвинулось ни на йоту. По всему городу висели плакаты с описанием брошенных на месте преступления предметов (велосипеда, портфелей, бежевого плаща, велюрового берета) с требованием предоставить любую информацию об их владельцах за весьма солидное вознаграждение. В кинотеатрах перед сеансами демонстрировался специальный фильм, показывающий эти и другие улики в мелких деталях. Из Берлина прибыло подкрепление из лучших сыщиков криминальной полиции, но все впустую. Четверо заговорщиков к этому времени усилиями «Дяди Гайского» из квартир сочувствующих Сопротивлению граждан были переведены в крипту церкви Св. Кирилла и Мефодия на улице Ресслова. Священник Владимир Петршик обеспечил доставку в подземный склеп матрасов и предметов обихода. Помимо Габчика, Кубиша, Валчика и Опалки, в подземелье решено было спрятать еще троих парашютистов: Ярослава Шварца из группы Tin и Йозефа Бублика и Яна Грубы из группы Bioscop. Ежедневно Ян Зеленка и Мария Моравцова носили в крипту еду и передавали последние новости. Если не считать известия о смерти протектора, все они были безрадостными. С каждым днем рос список расстрелянных заложников, коллаборационистское правительство Эмиля Гахи призывало убийц Гейдриха добровольно сдаться и прекратить мучения чешского народа. 13 июня статс-секретарь Франк объявил, что тот, кто предоставит информацию о террористах до вечера 18 июня, избежит наказания, даже если сам замешан в подготовке покушения. Ни отважные патриоты из «Йиндры», ни десантники не могли знать, что этот ход нацистов решит их судьбу.

Старший сержант Карел Чурда из группы Out Distance не был посвящен в детали покушения и за несколько дней до нападения уехал из Праги в деревню Нова Глина навестить мать. Три недели ужаса, проведенные на чердаке родного дома, изменили этого человека. Понимая, что одним лишь фактом связи с диверсантами он обрекает на гибель всех близких, Чурда не знал, что делать, и воспринял призыв Франка как выход из тупика. Утром 16 июня он приехал в Прагу и сразу же явился в главное управление гестапо во дворце Печек, где сначала опознал оставленные на месте преступления портфели, а затем рассказал все, что ему было известно о Габчике и Кубише и их связях с местным Сопротивлением. По городу прокатилась очередная волна арестов. Целые семьи патриотов попали в подвалы гестапо. Мария Моравцова и Ян Зеленка предпочли не сдаваться в руки нацистов живыми и проглотили пилюли с ядом. Взбешенный тем, что диверсанты все еще не найдены, возглавлявший следствие штурмфюрер СС Гейнц Панвиц отдал приказ применять к арестованным самые жесткие меры воздействия. К полуночи 17 июня, не выдержав пыток, 20-летний сын Марии Моравцовой Властимил выдал гестаповцам тайное укрытие десантников. Панвиц поднял по тревоге специальные части СС, и к 04:15 они образовали вокруг церкви два кольца окружения. Были схвачены настоятель прихода Вацлав Чикл и священник Петршик. Спустя 10 минут Панвиц с группой агентов гестапо и переводчиком направились внутрь.

Чтобы хоть немного разнообразить пребывание в холодной и темной крипте, каждую ночь несколько десантников несли вахту на галерее, отделяющей клирос от нефа. В ночь с 17 на 18 июня дежурили Опалка, Кубиш и Шварц. Они правильно истолковали шум моторов и топот множества ног, доносившиеся снаружи, и были готовы. Как только Панвиц с группой подошли к алтарю, грянул залп. Вояки из заплечных дел мастеров оказались неважными, гестаповцы предпочли ретироваться, унося с собой раненых. Панвиц запросил помощь военных. Под прикрытием пулеметов, стрелявших с верхних этажей соседних зданий по большим витражным окнам церкви, солдаты специального подразделения СС штурмбанфюрера Кёнига начали штурм. Но взять позицию трех отважных чехов с ходу не получилось. Лишь к 7 утра эсэсовцы Кёнига смогли прорваться на галерею и забросать ее гранатами. Изрешеченные осколками Опалка и Шварц застрелились, смертельно раненый Кубиш умер, не приходя в сознание, по пути в госпиталь. Тела вынесли наружу, и Чурда под присмотром гестаповцев опознал их. Эсэсовцы тем временем пытались попасть в крипту. Через громкоговорители понеслись призывы к десантникам сдаться, с обещанием, что с ними будут обращаться как с военнопленными. Но те ответили плотным огнем через крохотное вентиляционное окно во внешней стене церкви. Попытки немцев забросать крипту дымовыми шашками и закачать внутрь выхлопные газы ни к чему не привели. Десантники проникали в крипту через узкое вертикальное отверстие у алтаря, использовать которое для штурма было бы полным безумием. Панвиц приказал отыскать более подходящий вход в склеп – ведь гробы монахов должны были туда как-то попадать. Тщательно исследовав пол церкви, нацисты в конце концов обнаружили плиту, под которой была пустота. В ожидании саперов гестапо решило привлечь к делу местную пожарную бригаду – Панвиц вознамерился затопить подземелье. Сначала у пожарных ничего не получалось – десантники с помощью длинной деревянной лестницы выталкивали шланги наружу, одновременно весьма эффективно простреливая все подходы к окну. Но потом одному из особо деятельных борцов с огнем удалось багром зацепить край лестницы и вытащить ее наружу. (За этот «подвиг» он получил от Франка денежное вознаграждение, а после войны – тюремный срок.) Немедленно внутрь хлынула ледяная вода. С этой минуты судьба осажденных в крипте была решена. Но они продолжали сражаться. Когда немецкие саперы взорвали плиту, закрывавшую вход в склеп, Панвиц вновь призвал десантников сдаться. Ответ был: «Мы – чехи! Мы никогда не сдаемся!» Больше часа Габчик, Валчик, Бублик и Грубы отражали атаки немецких солдат, обстреливая всякого, кто решался спуститься в крипту. Потом, примерно в полдень, раздались 4 одиночных выстрела – и наступила тишина. Полностью истратив боеприпасы, бойцы последние пули приберегли для себя.

Вопреки заверениям коллаборационистского правительства, гибель десантников не положила конец репрессиям. Еще три недели продолжались аресты, пытки, расстрелы. За прямую поддержку и сокрытие информации о нападавших были казнены 252 человека. Число убитых заложников и лиц, обвиненных в связях с Сопротивлением, не поддается точному подсчету, но очевидно, что требование Гитлера уничтожить 10 тыс. чехов в отместку за смерть Гейдриха было исполнено с лихвой. 24 июня 1942 года судьбу Лидице разделила маленькая деревушка Лежаки Пардубицкого края. 3 сентября в Праге прошел показательный суд над старостой церкви Св. Кирилла и Мефодия Яном Сонневендом, священниками Петршиком и Чиклом и епископом Чешским и Моравско-Силезским Гораздом. Все четверо были приговорены к смерти. Вскоре Чешская православная церковь была запрещена, а ее имущество конфисковано. В ходе боя за церковь немецкие войска потеряли 14 человек убитыми и 21 ранеными. Головы Кубиша и Габчика были заспиртованы и хранились во дворце Печек в качестве экспонатов. В апреле 1945 года немцы вывезли их в неизвестном направлении. Карел Чурда получил крупное денежное вознаграждение, сменил фамилию и женился на немке, продолжая работать провокатором гестапо. Новая личина не спасла его от возмездия: в июне 1945 года Чурду арестовали и по приговору суда повесили. На виселице окончил свои дни и Карл Франк, организовавший уничтожение деревень Лидице и Лежаки.

Отношение к убийству Гейдриха в Чехии и за ее пределами всегда было неоднозначным. В ЧССР действия Лондона подвергались жесткой критике, но это можно объяснить политической подоплекой. Однако и сегодня нередко высказывается мнение, что нападение не имело смысла, а цена, которую пришлось заплатить населению страны, оказалась чересчур высока. Это при том, что героизм парашютистов и самопожертвование патриотов, сохранивших мужество в условиях нацистского террора, спасли не только границы послевоенной Чехословакии, но и честь самого чешского народа. Ведь до этого момента в странах антигитлеровской коалиции чехов считали послушными прислужниками немцев. Очевидно, за десятилетия мирной и спокойной жизни многие позабыли, что борьба с тиранией не обходится без жертв, а свобода не дается даром.